Hasta mediados del XV, Valle de Villaverde estaba integrado en las Encartaciones del Señorío de Vizcaya, disfrutaba de los mismos derechos que el resto de los lugares de las Encartaciones y disponía de voto en las Juntas de Avellaneda.

Durante la Baja Edad Media, Villaverde, Trucíos y Arcentales se encontraban bajo el dominio del linaje de los Avellaneda lo que marcaría el devenir histórico del Valle en el futuro, puesto que mientras Trucíos y Arcentales finalmente vuelven a integrarse en el Señorío de Vizcaya, Villaverde pasó a ser posesión de la familia Velasco, tras comprarlo Pedro Fernández de Velasco a Diego de Avellaneda por quinientos mil maravedíes.

Posteriormente, Pedro Fernández de Velasco, al repartir el patrimonio entre sus hijos, le concedió a Antonio de Velasco el Valle de Villaverde, quien renunció a él y lo traspasó a su hermano Pedro de Velasco.

Tras esta operación, Valle de Villaverde se vinculó definitivamente a la familia Velasco, Duques de Frías, incluyéndose en el Corregimiento de Soba y quedando, por lo tanto, apartado de la Encartaciones del Señorío de Vizcaya. Aún a pesar de esto, Valle de Villaverde, conservó ciertos derechos de su periodo.